スケッチアップの面倒なところは面の上に図形を描いてプッシュプルすると下の図形にひっついてしまうと言う事ですね。別にモデリングしてグループ化してから配置する事をまめに行ってください。あとはレイヤ(タグ)はなるべくオブジェクト毎に分けて作って頂くとモデリングのしやすさに違いが出てくると思います。